Căn cứ vào các đặc điểm về hình thái học, đặc điểm thủy lí, hoá các thủy vực và khu hệ tảo. Người ta chia các thủy vực nội địa Việt Nam thành 2 loại là: Các thủy vực tự nhiên (suối, sông, hồ, các thủy vực nước lợ). Thủy vực nhân tạo (kênh tưới tiêu, hồ chứa, ao, ruộng lúa nước). Tuỳ theo loại hình thủy vực và các vùng phân bố mà thành phần tảo khác nhau.
Đặc điểm về thành phần loài của tảo nước ngọt
Thành phần tảo khu hệ tảo nước ngọt Việt Nam rất phong phú. Người ta đã phát hiện 1402 loài và dưới loài (Dương tiến Đức 1996), trong đó tảo lục 530 loài, tảo Silic 388 loài, tảo Lam (vi khuẩn lam) 344 loài…
Khu hệ tảo nước ngọt Việt Nam có nhiều loài và dưới loài thuộc tảo nhiệt đới chiếm tỉ lệ 30% (433 loài và dưới loài) như Microcystis longata, Anabaena spiroides…
Thành phần loài bộ Desmidiales rất phong phú, chiếm quá nửa số lượng ngành tảo lục 300 loài/530 loài.
Nét đặc trưng của khu hệ tảo nước ngọt Việt Nam là tảo lam hay vi khuẩn lam phát triển rất phong phú, thường xuyên gây hiện tượng nở hoa trong nước do các loài Microcystis robusta, Merismopedia elegans, Anabaena spiroides…gây nên.
Khu hệ tảo nước ngọt Việt Nam có đặc điểm là có sự xâm nhập của thực vật phù du biển vào như các chi Chaetoceros, Biddulphia, Coscinodiscus thường gặp chủ yếu ở biển và vùng cửa sông.
Trong thành phần loài có nhiều loài đặc hữu và mới (có trên 37 loài và dưới loài là đặc hữu, đặc biệt trong bộ Chlorococcales có tới 30 loài).
Tại các thủy vực vùng núi cao như các sông, suối vùng cao có xuất hiện những loài có nguồn gốc ôn đới như Oscillatoria granulate, stratonotoc commune, Lyngbia truncicola…
Thành phần loài phân bố không đều nhau ở các vùng. Theo nghiên cứu của Dương Tiến Đức; Có 116 loài ở vùng núi; 388 loài thuộc vùng trung du và 916 loài thuộc vùng đồng bằng chiếm 65%. khu hệ tảo thuộc thủy vực vùng trung du mang tính chất chuyển tiếp giữa vùng đồng bằng và vùng núi.
Đặc tính số lượng
Số lượng của khu hệ tảo nước ngọt Việt Nam trong các thủy vực khác nhau cũng khác nhau. Trong các thủy vực giàu chất hữu cơ như các ao được bón phân, các thủy vực có nước thải đổ vào…thì số lượng tảo có thể đạt hàng triệu tế bào/l. Thí dụ nước hồ Tây khi bị ô nhiễm nhẹ mật độ thực vật nổi trong mùa khô 7,5.104/l và 3,5g/m3.Trong các thủy vực nghèo dinh dưỡng như các thủy vực suối, hồ… số lượng thực vật nổi chỉ đạt hàng trăm tế bào/l.
Chiếm ưu thế về mặt số lượng trong các thủy vực nước ngọt là các ngành tảo lục, lam và đôi khi cả ngành tảo silic (sông). Số lượng tảo trong các vực nước tự nhiên (hồ, sông…) ít biến đổi, còn trong các thủy vực nhân tạo, các thủy vực nước thải có sự biến đổi lớn phụ thuộc vào điều kiện tự nhiên và hoạt động của con người.
(Tài liệu tham khảo: Giáo trình Sinh thái Thủy sinh vật)