Nho gia, với tính cách là tư tưởng chính thống của xã hội phong kiến Trung Quốc, đã trải qua các giai đoạn: Nho học thời Tiên Tần, Kinh học thời Lưỡng Hán, Lí học thời Tống Minh. Kinh học thời Hán đã không phải là nguyên hình của Nho học nữa, mà có đặc trưng là sự bổ sung lẫn nhau của Nho, Đạo, định ra xu hướng cơ bản của văn hóa truyền thống Trung Quốc. Lí học thời Tống – Minh là sự bổ sung lẫn nhau của Nho, Thích (tức Phật giáo, với người sáng lập là Thích Ca Mầu Ni) và Đạo, cuối cùng đã được xác lập nên truyền thống của văn hóa Trung Quốc. Lịch sử gọi sự việc này là “tam giáo hợp nhất”.
Nho học sản sinh vào thời Tiên Tần là một học thuyết kết hợp tâm trí, luân lí và chính trị. Nó thiếu nội dung triết học, sơ sài về tư duy và phương pháp luận chứng. Do đó, trong cuộc “trăm nhà đua tiếng” thời Chiến quốc, nó không chiếm được ưu thế lớn. Khổng Tử chu du các nước, cũng thường gặp phải chuyện bất như ý. Thời Hán xây dựng lại chính quyền chuyên chế phong kiến trung ương tập quyền, việc tuyệt đối hoá, thần thánh hoá quyền lực của Hoàng đế trở thành yêu cầu nội tại của người thống trị tối cao. Nhưng tư tưởng “dân quý quân khinh”, “trọng nhân khinh thiên” của Nho học rõ ràng không phù hợp với yêu cầu của kẻ thống trị. Mâu thuẫn trong hiện thực và những thiếu sót của bản thân thúc đẩy Nho học phát triển theo hai hướng triết lí hoá và tôn giáo hoá.
– Sự xuất hiện Kinh học thời Tây Hán là việc cải tạo lần thứ nhất đối với Nho học. Đặc điểm của nó là dùng hình thức giải thích kinh điển của Nho gia, nêu ra một hệ thống pháp độ “tam cương ngũ thường”, dùng tư tưởng Đạo gia làm cơ sở triết học và phụ thêm vào hệ thống tư tưởng của học thuyết Âm dương Ngũ hành. Tuy nó vẫn khoác chiếc áo Nho học chính tông, nhưng trên thực tế, so với Nho học thời Tiên Tần, nó không những đã triết lí hoá, mà đã có nội dung của thần học. Nho học bắt đầu biến thành Nho gia.
Từ thời Hán Vũ Đế, Kinh học đã giành được địa vị độc tôn. Sau này, cái gây được ảnh hưởng lớn đối với tư tưởng chính thống này là sự du nhập Phật giáo. Phật giáo bắt đầu truyền vào Trung Quốc từ thời Lưỡng Hán. Là một hiện tượng văn hóa ngoại lai, trong một thời gian khá dài, nó gặp phải sự bài xích và chống lại của Nho học đang giữ địa vị chủ thế trong văn hóa truyền thống Trung Quốc, nhưng Phật giáo và tôn chỉ “chuyên vào thanh tĩnh”, “dập tắt tư ý và dục vọng”, “muốn trở về với vô vi nên có thể nhờ sự môi giới của Đạo giáo mà dần dần hoà vào tư tưởng Nho học”.
Đạo giáo, thường quen gọi là Đạo gia, giữa hai cái đó vừa có liên hệ, vừa có sự khác nhau. Do những người thống trị đầu thời Hán tôn dùng thuật Hoàng Lão. Lão tử dần dần bị thần bí hoá, lại có sự phối hợp của các hình thức phương thuật, tiên đạo, nên sản sinh ra hình thức tôn giáo là Đạo giáo.
Phật giáo, qua sự hấp thụ văn hóa truyền thống Trung Quốc là Nho học và Đạo giáo, đã biến thành một tôn giáo được Trung Quốc hoá. Thời Tuỳ Đường, Phật giáo được người thống trị tối cao chấp nhận và đề xướng, đã ở vào thời kì cực thịnh ở Trung Quốc. Từ thời Tống Minh về sau, một số tư tưởng của Phật giáo như bản thể hợp nhất giữa không và có, nhận thức luận hợp nhất giữa tiệm tu và đốn ngộ, phương pháp tu dưỡng minh tâm kiến tính (thông qua sự xem xét nội tâm để nhận thức chân lí), phân bản phục sơ (trở về với nguồn gốc) đã cùng với tư tưởng Đạo giáo thấm vào tầng sâu của tư tưởng Nho gia, làm xuất hiện tình hình tam giáo hợp nhất trong Lí học thời Tống Minh.
Sự ra đời của Lí học thời Tống Minh đã hoàn thành việc cải tạo lần thứ hai đối với Nho học của Khổng Tử, trở thành tư tưởng chính thống của giai cấp thống trị vào thời kì sau của xã hội phong kiến Trung Quốc, người tập đại thành của Lí học trở thành “thánh nhân” thế hệ thứ ba sau Khổng Tử và Đổng Trọng Thư. Lí học Tống Minh với tính cách là tư tưởng phong kiến ở giai đoạn cuối, so với các hình thái Nho học trước kia, càng có nhiều nhân tố tiêu cực hơn, do đó, đã gây nhiều ảnh hưởng xấu đối với văn hóa tư tưởng các triều đại Tống, Nguyên, Minh, Thanh.
Lí học đã cải tạo Nho học vốn có, nhưng nội dung trung tâm của nó vẫn là tư tưởng luân lí do Khổng, Mạnh đề xướng. Các nhà Lí học thời Tống càng trú trọng đến giá trị bản thân của đạo đức, nhất là tôn sùng việc “sát nhân thành nhân” (hy sinh bản thân để hoàn thành điều nhân), “xả thân thủ nghĩa” (xả thân để dành điều nghĩa) của Khổng, Mạnh, coi việc theo đuổi lí tưởng đạo đức tận thiện, tận mĩ làm mục tiêu tối cao. Điều đó, một mặt đã cổ vũ khí tiết dân tộc, nhưng một mặt khác, thuyết “thiên lí nhân dục” đã hướng dẫn tư tưởng người ta tới chỗ lấy “thiên lí” (luân lí, đạo đức) để hạn chế “nhân dục” (dục vọng của con người), đã dập tắt sự phát triển cá tính. Cái lễ giáo ăn thịt người cũng bắt đầu từ đấy.
Lí học đã đưa một số lí luận triết học của Phật giáo và Đạo giáo vào Nho học, nâng cao trình độ tư duy lí luận của Nho học, song cũng chính vì điều đó nó đã tạo nên sự nguy hại sâu sắc cho xã hội Trung Quốc. Nếu nói rằng, việc đề xướng tôn giáo của bọn phong kiến trước kia chủ yếu là nhằm mục đích làm tiêu tan tinh thần phản kháng của nhân dân dưới quyền thống trị, thì bọn thống trị từ triều Tống về sau đã dùng Nho giáo được tôn giáo hoá triết lí hoá, với dụng tâm áp chế tư tưởng, ý thức của toàn xã hội, bao gồm các phần tử trí thức. Việc thi cử từ đời Nguyên về sau, phần nhiều lấy đầu đề “Tứ thư chương cú tập chú” của Chu Hy. Thời Minh lấy văn bát cổ để chọn kẻ sĩ chuyên dùng “tứ thư”, “ngũ kinh” để ra đề. Kinh điển của Lí học đã trói buộc tài năng và trí thông minh của các phần tử trí thức hết đời này đến đời khác. Biết bao nhiêu người đã cắm đầu suốt đời vào kinh sách, như bị chôn sống trong đáy giếng Lí học.
ảnh hưởng do Lí học tạo nên đó đã gây cản trở nghiêm trọng cho sự tiến bộ về học thuật văn hóa và khoa học kĩ thuật. Trước thời Tống, khoa học kĩ thuật của Trung Quốc còn chiếm địa vị hàng đầu thế giới, còn trong các triều đại Tống, Nguyên, Minh, Thanh thì hầu như ở trạng thái đình trệ. Ngược lại, trong mấy trăm năm đó, người Châu Âu đã tiến bộ rất dài, cho tới chiến tranh Nha Phiến năm 1840, người Anh đã dùng thuốc súng do Trung Quốc phát minh để mở toang cánh cửa lớn của Trung Quốc, xã hội phong kiến bắt đầu đi tới suy vong.